El Departamento de Paleontología está encargado de salvaguardar el patrimonio paleontológico. El patrimonio paleontológico está formado por el conjunto de yacimientos y secciones fosilíferas conocidos y por los fósiles que integran las colecciones paleontológicas. En este apartado se integran también los yacimientos de icnitas de invertebrados y de vertebrados, entre los que destacan los conjuntos de huellas de dinosaurios.
El Departamento de Paleontología está dedicado a la restauración, conservación preventiva, estudio, inventariado y mantenimiento de los bienes paleontológicos valencianos, en los que se incluye una amplia variedad de materiales: restos óseos de dinosaurios de los periodos cretácicos y jurásico restos de vertebrados terciarios y faunas cuaternarias, tanto de yacimientos paleontológicos como arqueológicos.
Los trabajos de conservación comienzan en el mismo momento de la extracción de los restos óseos del yacimiento, cuando es indispensable aplicar las técnicas adecuadas para minimizar el trauma que supone para el material su exhumación. Los trabajos continúan en el laboratorio donde se aplican una serie de analíticas y técnicas que orienten los trabajos de restauración. La exhibición de los restos también requiere un estudio específico que determine las condiciones óptimas de conservación.
